«Тёмные начала» — это история о том, как одна девочка оказывается в самом центре борьбы за саму душу человечества. В её мире у каждого человека есть деймон — внешнее воплощение души в облике животного. И есть Магистериум, всесильная организация, которая стремится контролировать эту связь и искоренить всё неподконтрольное. Лире Белаква, сирота из Оксфорда, даже не подозревает, что древнее пророчество указывает именно на неё.

Судьба начинает раскручиваться, когда дети, включая лучшего друга Лиры, начинают бесследно исчезать. Вместе со своим деймоном Пантелеймоном она отправляется на холодный и опасный Север, чтобы найти пропавших. Её путь полон встреч с цыганами-мореплавателями, бронированными медведями и загадочными частицами Пыли, которую все боятся. Постепенно Лира понимает, что похищения детей — часть чудовищного эксперимента Магистериума, цель которого ужасает.

Это путешествие превращается не просто в поиск, а в противостояние с могущественными силами. Лире предстоит разгадать тайны, связанные с её собственными родителями, и научиться пользоваться алефометром — редким прибором, открывающим истину. Её личная храбрость и умение врать с непоколебимым видом становятся главным оружием против системы, стремящейся лишить людей свободы воли и чуда. Сериал говорит о цене познания и о том, что иногда, чтобы спасти мир, нужно сначала усомниться во всём, что тебе говорили.